K33泛素链：能被HECT泛素连接酶AREL1合成，AREL1同时还能合成 K11泛素链。AREL1主要参与细胞凋亡的负调控，而K33泛素链在其中的作用还有待于进一步研究。K33泛素链还被发现参与了后高尔基体膜蛋白运输。含有BTB结构域的适配体蛋白KLHL20与一种Cullin-3泛素连接酶复合物协同催化冠状蛋白7的K33多聚泛素化，促进其被招募到反式高尔基体网络中，表明了 K33泛素链在蛋白质转运中起作用。

K48链：最常见的泛素链类型，蛋白酶体降解靶蛋白的标志。研究表明，某个蛋白被蛋白酶体降解所需最短的K48泛素链标记，只需要4个单泛素分子组成。还有研究表明，蛋白同时若被2条双泛素分子组成的K48泛素链修饰，比1条4泛素分子组成的K48泛素链被蛋白酶体降解的效率更高，但具体机制还需进一步研究。

K63泛素链：是K48泛素链之外第二经典的泛素链类型，其修饰不会导致底物的降解，但发现K63泛素链在NF-κB信号通路中发挥着重要作用。K63泛素链可与Met1泛素链混合形成异质型泛素链，从而招募不同激酶复合体的组装。

混合和分支泛素链：除了单一类型泛素-泛素分子连接所形成的泛素链外，泛素链中可存在不同连接类型的泛素-泛素分子连接，形成混合泛素链；或者在某个泛素分子的不同Lys残基上延伸多个泛素链，形成分支泛素链。目前的研究方法依赖于蛋白酶有限的蛋白质水解作用，因此存在系统性误差。为了研究这些异形泛素链的复杂结构，需要开发新的方法以分析细胞中的泛素池。

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